造成這樣的制度弊端，是有一定歷史因素的。由于土地狹小、多災多難，日本民眾為了生存形成了一套極為嚴苛的等級制度。在這套等級體系下，武士階層作為貴族領主的統治工具，發揮了十分重要的作用。然而明治維新以后，倒幕運動中的開明派逐漸認識到天皇統治日本的弊端，開始推動廢藩置縣政策，并強令全國武士、庶民、將軍等一律平等，不再保留特權，這招致西南保守勢力的反撲。

1877年，西南戰爭爆發，明治政府最終撲滅了鹿兒島(原薩摩藩)士族的叛亂，但其解決問題的手段依然是軍事方式。故而，過于強調軍事邏輯的風氣在日本愈演愈烈。另外，明治維新本身便是在政體上學習英國(君主立憲制)、軍事上學習德國(普魯士軍事立國思想)的集合體。這導致日本改革后的制度，既有“虛君主義”的缺陷，也有德軍不注重國家戰略研究的隱患。明治時期，不論文臣武將，大多是舊幕藩體系下的武士出身，文物對立的痕跡并不明顯。隨著時間的推移，這一制度弊端愈發顯現出來。

1894年戰爭爆發時，日本陸軍獨自籌劃戰爭事項，不僅未與文官政府進行及時溝通，甚至將海軍亦排除在外。大本營會議成立以后，作為政府首腦的伊藤博文甚至需要依靠與日本明治天皇的特殊私人關系，才得以順利列席其中。即便如此，伊藤博文從政治、外交立場討論戰事的方法還是引起來自陸海軍幕僚的激烈爭論。

日俄戰爭時期，多數政府要員都具有軍方背景，其威望足以與軍方將領們匹敵。加之明治天皇本身對文武兩大系統的統御能力，日本在外交政治、軍事戰術方面的配合堪稱珠聯璧合。不過，這只不過是老一輩維新派的個人能力，掩蓋了日本制度問題后的幻想罷了。在隨后的大正天皇、昭和天皇時期，日本內閣已經不知不覺間淪為了軍隊的附庸，頗有一種條頓騎士團建設普魯士國家的味道(即軍隊擁有國家)。

在此期間，日本文官系統并非沒有人看到這一點，原敬出任首相之時就曾和陸軍大臣田中義一聯手推動制度改革，意圖擴大征服職能、擺脫軍隊掣肘。無奈最終原敬遭刺殺身亡，田中義一孤掌難鳴。在原敬改革中，曾嘗試賦予文官海外殖民地長官的權限，借以打壓軍部勢力。不料改革失敗，統帥獨立權未能被取消，反而被海外駐軍拿來作為自行其是的借口，日本政治更加混亂了。

其實，武人亂政的現象在人類歷史上并不鮮見。古羅馬帝國后期，伴隨著募兵制度的深入發展，以及多瑙河防線、東方防線駐軍勢力的增長，軍隊逐漸成為以統帥群體為核心的利益集團。這其中，多瑙河集團和北非集團利用武力影響政治，導致皇位頻繁更迭。這些被近衛軍扶立起來的皇帝，為了獲得持續的支持，往往會許諾巨額的軍費，從造成惡性循環。相較于古羅馬，自唐末募兵制-節度使改革以來，陷于藩鎮割據窘境的中華文明，后來更是陷于武人亂政、五代更迭的混亂局面。正是因為武人干政會造成極大的不穩定性，宋朝才會制定“重文重商輕武”的國策。

不論是古羅馬帝國后期，還是唐末五代的武人亂政現象中，都體現了兩大特征。一方面軍隊統帥們把持朝政，排斥文官掌權;另一方面不同地區、層級的軍事力量之間為了獲得最高中樞權力而爭斗不休。這兩點在近代日本制度中，同樣有所體現。前文提及，原敬改革失敗以后，海外駐軍獨立性增強。這導致作為中樞機構的總參謀部或司令部，無法做到針對地方軍事系統的令行禁止。但是更為嚴重的問題，發生在不同軍種之間的分歧上。

軍種藩籬是一種普遍存在的現象，自冷兵器時代就一直存在重甲步兵、重騎兵、輕騎兵等之間的分歧，而近代日本則著重體現在海軍和陸軍的競爭上。1890年，美國人馬漢出版了《海權論》一書，這本是為了替美國指明新的戰略方向，畢竟彼時的美國已經步入西進運動的尾聲，北美大陸幾乎開墾殆盡。海權思想極大地啟發了包括德國、日本在內的眾多后發國家，引發了英德海軍競賽，更促使一戰后的日本大規模發展航母技術。

一戰以后，日本陸海軍圍繞國家戰略，制定了迥異的兩份方案。這其中，陸軍認為應當擴軍北上、與蘇聯爭鋒，進而占據東亞大陸，形成海陸二元帝國，再伺機圖謀霸權;海軍則主張進一步鞏固海軍優勢，將地緣競爭對手定位為美國，尋找時機南下奪取關島和菲律賓，繼而攫取南洋地區豐富的資源，從而達到擺脫對歐美經濟依賴、自給自足。這種狀況，導致日本完全喪失了一個統一的國家戰略，其有限的資源亦被陸海軍分別占有。

不僅如此，海軍、陸軍內部也分別產生了許多新的派別對立。這其中就包括陸軍圍繞是否進行“下克上”暴力干政的皇道派和統制派的分歧、海軍圍繞是否遵守國際裁軍會議的條約派和艦隊派分歧等。這些大小分歧，給二戰前的日本國家戰略造成了極大的不確定性。它也成為二戰各主要參戰國中，唯一一個沒有明確首領的國家。

綜上所述，由于明治維新的不徹底，日本在效法德國軍事制度、削弱藩國武士勢力的同時，形成了過于強調軍事邏輯、不重視國家戰略的傾向。明治天皇和伊藤博文等維新派元老主政時期，這些弊端在一定程度上被掩蓋起來。然而隨著時間的推移，軍事體系對文官政府的干預、陸海軍之間的分歧以及軍事部門內部的大小對立，嚴重削弱了日本的整體戰略能力。

后來，日本海軍和陸軍圍繞著北上進攻蘇聯還是南下襲擊美國反復拉鋸、爭奪更多的資源調配，卻同時將美蘇兩大國置于假想敵的境地。地方駐軍系統不聽中樞指揮的情況，更是在二戰期間屢見不鮮。凡此種種，均成為日本對外擴張膨脹心態的誘因，并最終走向失敗。