同年秋，北伐大軍攻克元大都(今北京市)，元順帝倉皇出逃，元朝滅亡。蒙古在中原九十八年的統(tǒng)治宣告結束，明朝取得了在長城以內(nèi)地區(qū)的統(tǒng)治權，丟失四百年的“幽云十六州”也被收回。

但是，逃到草原的蒙古貴族不甘心失敗，他們?nèi)酝捅诿鞒拈L城邊境之外，屢次騷擾明軍，以期再度奪回失去的富庶的中原地區(qū)。

洪武二年(1369年)六月，元惠宗遷都應昌府，對明朝形成了實在的軍事威脅。朱元璋鑒于北宋末年燕山一帶在兩年之內(nèi)得而復失的前車之鑒，決定北征消滅北元。

從洪武三年(1370年)開始，到洪武二十年(1387年)，朱元璋連續(xù)用兵出塞北征，對北元殘部造成了沉重的打擊。

而最終滅亡北元小朝廷的戰(zhàn)役是在洪武二十一年(1388年)發(fā)生的捕魚兒海之役。

捕魚兒海(今中蒙邊境之貝爾湖)戰(zhàn)役發(fā)生在元朝滅亡的二十一年之后，時間過了這么久，北元的奇男子王保保早已去世，元朝的殘余勢力奉新君脫古思帖木兒(元朝第十七位大汗)為首，流竄于塞外自樹一幟。

在這場戰(zhàn)事打響的前一年，明將馮勝、傅友德、藍玉率領二十萬大軍北征遼東，迫使北元遼陽行省的太尉納哈出率所部二十萬人投降，此舉使游牧在東蒙古地區(qū)的北元小朝廷更加孤立，為其走向最后的覆滅奠定了基礎。

朱元璋乘遼東獲勝之機，命令藍玉為大將軍，率師十五萬出塞，意圖將殘元勢力一網(wǎng)打盡。

1388年四月，藍玉率領的明軍到達捕魚兒海南岸，12日黎明，藍玉偵察得知北元小朝廷的脫古思帖木兒的營地就在捕魚兒海東北方向80余里，于是決定發(fā)動突襲。藍玉以王弼為先鋒，率部直撲過去，立馬打了北元殘部一個措手不及。

此戰(zhàn)，明軍如秋風掃落葉一般獲得大勝，早已疲于奔命的北元軍隊全線崩潰，損失了十多萬人。

脫古思帖木兒這位蒙古新大汗指揮部下抵抗了一陣，最后發(fā)現(xiàn)于事無補，只得帶著太子天保奴以及少數(shù)隨從，騎乘數(shù)十匹戰(zhàn)馬逃出了包圍圈。后來，脫古思帖木兒在逃亡的路上被手下弒殺。

明軍俘獲脫古思帖木兒次子地保奴等64人、太子必里禿妃并公主等119人、吳王朵里只、代王達里麻、平章八蘭等3000人，以及北元寶璽、圖書、金銀印章，男女七萬余人，馬駝牛羊十萬等等。

至此，北元小朝廷于捕魚兒海覆滅，蒙古草原在長達五十年的時間里陷入四分五裂的局面，北元殘部再也無力對明朝造成軍事威脅，直到瓦剌領袖也先出現(xiàn)，明軍才又吃了一個“土木堡之變”的大敗仗。